南京大学地球环境计算工程研究所成立于1998年3月15日，由南京大学和日本有关部门共同发起成立。第一任所长为日本茨城大学和中国东南大学教授吴智深博士。研究所致力于人类工程活动与地球环境保护可持续协调发展的理论、技术和方法。主要研究方向包括环境工程地质学，环境岩土工程，各类基础工程质量检测和健康诊断，地质与岩土工程灾害的监测与预警技术，地质工程、岩土工程、交通工程、水利工程和地下工程等方面的数值模拟和计算方法，土质改性，图像处理与系统开发，GIS、GPS、RS应用等。研究所成员由南京大学地球科学与工程学院，城市与资源系，计算机科学系，环境科学系，数学系，生物系和大气科学系等7个系的20余位中青年骨干和50余位研究生组成。国际上有十余所大学、研究机构和公司参与合作。
研究所经过十余年的建设和努力，在人才培养、科学研究、国际合作、社会服务、成果转化等方面，均取得了突出的成绩，获得了一批重要成果，事业得到不断发展。2004年4月16日，在南京大学地球环境计算工程研究所分布式光纤传感监测实验室的基础上，成立了南京大学光电传感工程监测中心，它是我国第一个以分布式光电传感监测技术为核心的地质和岩土工程监测和健康诊断研究中心。
2009年，南京大学地球环境计算工程研究所所长施斌教授担任南京大学（苏州）高新技术研究院院长，并创立苏州南智传感产学研平台，研究所的科研成果得到有效转化，产生了良好的社会和经济效益。2019年，研究成果“地质工程分布式光纤监测关键技术及其应用”获2018年国家科技进步奖一等奖。
研究所网站：http://www.acei.cn/